公簿面積と実測面積は一致しない

公簿面積が実測面積と一致しない土地は、
１．法務局に「地積測量図」がない
２．法務局にある「地積測量図」が古い
ものが多く、
逆に、公簿面積の信頼性が高い土地は、
土地の分筆登記や地積更正登記などで、法務局に新しい「地積測量図」が備え付けられた土地ということになります。
では、なぜ一致しないのかというと、
「縄伸び」「残地求積」などが原因です。

公簿面積が実績面積より小さいことを「縄伸び」といいます。
反対に、公簿面積が実績面積がより大きいことを「縄縮み」といいます。
「縄伸び」についてはネット上でたくさん解説があるので詳細は割愛しますが、
江戸時代からあった「縄伸び」は、今でいう税額控除のようなものだと私は思ってます。
日照の悪い農地や大きな岩や池がある農地などは、同じ面積の農地よりも収穫量が少ないので、その分を考慮して、実際の面積よりも小さく検地台帳に記載した、という説です。
決して当時の測量技術が未熟だったとは考えにくく、
実際に、町の中心部では「縄伸び」が少なく、農地や山林では「縄伸び」が顕著な傾向にあり、地形や収穫率に応じて年貢の控除をしていたのでしょう。

土地を２つに分けて登記（分筆登記）するときに、片方の土地を測量し、もう片方の残った土地（残地）は、登記簿（登記記録）に記載されている全体の面積から差し引いて求めたもので、
全体の面積が元々「縄伸び」した土地だと、いくら片方だけ正確に測量しても、残地の面積は実測面積と一致しないことが分かると思います。
何度も分筆した土地など、明らかに残地の面積がおかしいというのもたまに出くわします。
平成17年の不動産登記法の改正で、「残地求積」の地積測量図は特別な事情がない限り認められなくなりましたので、両方の土地とも測量することになりました。
土地を購入する際、重要事項説明書に「地積測量図あり」と記載されていても、それが古い「残地」としての「地積測量図」であれば、「地積測量図」は無いものとして再測量をお願いすることをおすすめします。